مرکز آموزش مجازی دانشگاه علوم پزشکی کرمان در سال ۱۳۸۶ به عنوان واحد آموزش مجازی حوزه ی مطالعات و آموزش پزشکی در دانشگاه، اولین اقدامات خود را انجام داده و راه اندازی شد.
از سال ۱۳۸۷ تا ۱۳۹۴ این مرکز به عنوان واحد آموزش مجازی در مرکز مطالعات و توسعه ی آموزش پزشکی به فعالیت خود ادامه داد که در این سال ها کارنامه ی درخشان و موفقی داشته و برگزاری پنجمین همایش کشوری یادگیری الکترونیکی را نیز در تاریخچه ی خود دارد.
از سال ۱۳۹۴ با شروع طرح تحول آموزش در وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی، یکی مهمترین بحث های تحول آموزش یعنی بسته ی توسعه ی آموزش مجازی پیگیری شد و نتیجه ی اقدامات انجام شده در این بسته منجر به تقویت زیرساخت ها و راه اندازی مجدد واحد استودیوهای ضبط صدا در ساختمان جدید بود. مدت کوتاهی پس از تشکیل کارگروه توسعه ی آموزش مجازی در دانشگاه، جدایی واحد آموزش مجازی از حوزه ی مدیریت مطالعات و توسعه ی آموزش پزشکی صورت گرفت و از سال ۱۳۹۵ در ساختمان جدید بخش های متنوعی در مرکز آموزش مجازی تاسیس گردید.
پس از یک سال تلاش و بهسازی برخی از امکانات، پس از بازدید تخصصی اعضای کمیته ی اعتبار بخشی وابسته به دانشگاه علوم پزشکی مجازی، اعتبارنامه ی رسمی مرکز آموزش مجازی دانشگاه علوم پزشکی کرمان صادر گردید و از آن به بعد این مرکز به عنوان یکی از مراکز همکار و مرتبط با دانشگاه علوم پزشکی مجازی در فعالیت های توسعه ی آموزش مجازی مشارکت فعال و موثر داشته است.
یکی از مهم ترین اقدامات انجام شده در سال های اخیر، تشکیل دپارتمان های آموزشی مجازی با هدف توسعه ی رشته های آموزشی آکادمیک و یا دوره های کوتاه مدت هدفمند برای آموزش های مهارتی به علاقمندان می باشد.